संचालनालय स्तरावरील सर्व कर्मचारी अधिकारी यांची वेतनदेयके तसेच प्रवासभत्ते देयकांचे प्रदान व हिशोब लेखा शाखा ठेवते.तसेच कर्मचार्‍यांची/अधिकार्‍यांची सेवापुस्तके,सेवानिवृत्ती वेतने अंतिमीकरण ही कामे होतात. लेखा शाखेत वेतनावर तसेच इतर कार्यालयीन खर्चाचे आयकर वसूली आणि प्रमाणपत्रे देणे ही कामे होतात. अशा प्रकारे लेखा शाखा संचालनालयाच्या स्तरावरील आर्थिक बाबींचे नियोजन तथा हिशोब ठेवण्याचे,लेखा परीक्षणाबाबत शासन व महालेखापाल यांचेतील एक दुवा म्हणून काम करते. लेखा शाखेत वेतनाचे प्रदान हे सेवार्थ या आज्ञावलीमधून संगणकीकृत केले जाते.

  या संचालनालयातील आस्थापनेवरील लेखा शाखेमार्फत राज्यातील शालेय शिक्षण विभागाच्या अधिपत्त्याखालील सर्व राजपत्रित अधिकारी,शिक्षण संचालनालय व विभागीय शिक्षण उपसंचालकांच्या आस्थापनेवरील सर्व गट क व ड मधील कर्मचारी यांच्या घरबांधणी अग्रिम,वाहन अग्रिम,संगणक अग्रिम,वैद्यकीय प्रतिपूर्ती देयके याबाबीची कार्यवाही केली जाते.